學部
教育學部
経済學部
醫(yī)學部
歯學部
薬學部
工學部
環(huán)境科學部
水產(chǎn)學部
醫(yī)療技術短期大學部(因為改組為四年制醫(yī)學部保健學科，2002年度以后停止招生）
大學院
教育學研究科
教職實踐專業(yè)（專業(yè)學位課程，教職大學院）
教科實踐專業(yè)（修士課程）
經(jīng)濟學研究科（博士前期課程·博士后期課程）
工學研究科（2011年（平成23年）度比生產(chǎn)科學研究科從改組）
綜合工學專業(yè)（博士前期課程）
生產(chǎn)系統(tǒng)工程專業(yè)（博士后期課程）
綠色系統(tǒng)創(chuàng)建科學專業(yè)（5年一貫博士課程）
水產(chǎn)·環(huán)境科學綜合研究科（2011年（平成23年）度比生產(chǎn)科學研究科從改組）
水產(chǎn)學專業(yè)（博士前期課程）
環(huán)境保全設計專業(yè)（博士前期課程）
環(huán)境共生政策學專攻（博士前期課程）
海洋環(huán)境資源學專攻（博士后期課程）
海洋場生命科學專業(yè)（5年一貫博士課程）
醫(yī)齒藥學綜合研究科
修士課程
熱帶醫(yī)學專業(yè)
保健學專業(yè)
生命科學專業(yè)藥
博士課程
醫(yī)療科學專攻
新興感染癥病情控制學系專業(yè)
放射線醫(yī)學科學專攻
博士后期課程
生命科學專業(yè)藥
國際健康開發(fā)研究科（修士課程）
國際健康開發(fā)專業(yè)
附直研究所
長崎大學熱帶醫(yī)學研究所（坂本，通稱：熱研）
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