1841-1906
1841年，福特漢姆大學(xué)由愛爾蘭裔助理主教約翰·約瑟夫·休斯（John Joseph Hughes，1797-1864）建立，起初命名為圣約翰學(xué)院（St. John‘s College）。該學(xué)院是美國東北部首所天主教高等學(xué)府。
1840年9月，休斯在紐約布朗克斯的福特漢姆以不足3萬美元的價格購下了幾乎全部的玫瑰山莊園（Rose Hill Manor）以修建圣約瑟夫神學(xué)院（St.Joseph Seminary），該舉措旨在效法其母校圣瑪麗山大學(xué)（Mount Saint Mary’s University）�！懊倒迳健保≧ose Hill）一名起源于該地所有者羅伯特·華茲（Robert Watts）于1787年的命名。羅伯特是一名紐約富商，其先祖在蘇格蘭的住宅名即為玫瑰山。1841年6月21日學(xué)校開業(yè)時，由原計劃名稱改為圣約翰學(xué)院，而彼時在校學(xué)生只有6人。日后成為紐約大主教及美國樞機主教的約翰·邁克洛斯基牧師（John McCloskey 1810-1885）成為了學(xué)校的首任校長，教職員工則均為神職人員。學(xué)校曾在5年里先后迎來了4位教區(qū)牧師擔(dān)任校長，其中詹姆斯·羅斯�！へ惱翈煟↗ames Roosevelt Bayley，1814-1877）既是美國第32任總統(tǒng)富蘭克林·羅斯福（Franklin D. Roosevelt，1882-1945）的遠(yuǎn)房侄親，又為美國首位本土出生的天主教徒伊麗莎白·安·塞頓（Elizabeth Ann Seton，1774-1821）的侄子。
1845年，神學(xué)院的教堂——懷仁圣母堂（Our Lady of Mercy）修筑完成；同年，休斯主教從馬里蘭和肯塔基的圣瑪麗學(xué)院（St. Mary‘s Colleges）招募了一批天主教牧師以擴增教工人數(shù)。1846年，學(xué)院獲得紐約州議會的特許狀。大概在3個月之后，首批耶穌會教徒（Jesuits）抵達(dá)學(xué)院，休斯主教遂立契轉(zhuǎn)讓學(xué)院經(jīng)營權(quán)但保留了大約9英畝的土地作為學(xué)院所有財產(chǎn)。1847年，福特漢姆大學(xué)在曼哈頓開辦了第一所學(xué)校，該校于1861年由圣弗朗西斯夏澤爾學(xué)院（St. Francis Xavier）獨立管理。同在1847年，美國作家兼詩人埃德加·愛倫坡（Edgar Ellen Poe 1809-1849）造訪福特漢姆并成為學(xué)院內(nèi)耶穌會教徒的終生好友。1849年，愛倫坡發(fā)表了著名的詩歌《鐘》（The Bells ），其中部分片段被認(rèn)為是由學(xué)院的鐘所激發(fā)的靈感。
圣約翰學(xué)院的課程涵蓋初階課程（例如預(yù)科課程，其中包括四年的拉丁語、希臘語、語法、文學(xué)、歷史、地理、數(shù)學(xué)和宗教的學(xué)習(xí)）及高階課程（例如學(xué)院課程，其中包括三年的人文學(xué)科、修辭學(xué)和哲學(xué)的學(xué)習(xí)）。南北戰(zhàn)爭聯(lián)邦軍第54馬薩諸塞志愿步兵團將領(lǐng)羅伯特·古德爾·蕭上校（Colonel Robert Gould Shaw 1837-1863） 曾于圣約翰學(xué)院進修過初階課程。修滿初高階課程的學(xué)生可以獲得文學(xué)學(xué)士學(xué)位，此外若再進修一年的哲學(xué)課程便可獲得文學(xué)碩士學(xué)位。與現(xiàn)代大學(xué)的商學(xué)院類似，圣約翰學(xué)院亦提供學(xué)術(shù)證明而非學(xué)位作為傳統(tǒng)課程以外的選擇。 1855年，學(xué)校上演了首部學(xué)生參演的劇作-亨利五世。1859年神學(xué)院關(guān)閉時，所有的財產(chǎn)以4萬美元的價格于翌年被售予耶穌會。
由于國會通過了要求高等院校提供軍事科學(xué)及戰(zhàn)術(shù)指導(dǎo)的法案，圣約翰學(xué)院創(chuàng)立了一支學(xué)生團。自1885年至1890年，美國陸軍第7騎兵團的赫伯特·C·斯夸爾斯中尉（Lt. Herbert C. Squires）在學(xué)校建立了一支約200人規(guī)模的學(xué)生軍，這也是今天福特漢姆大學(xué)后備軍官訓(xùn)練隊（ROTC）的雛形。圣約翰學(xué)院于1886年建立了科學(xué)大樓，使得科學(xué)課程的地位在學(xué)院的課程體系中得以提升。除此之外，學(xué)校設(shè)置了一個為期三年的科學(xué)學(xué)士學(xué)位。1897年，畢業(yè)典禮上首度出現(xiàn)了學(xué)位袍。
1907-1950
1905年學(xué)院新增法學(xué)院及醫(yī)學(xué)院。1907年，圣約翰學(xué)院更名為福特漢姆大學(xué)�！案Ｌ貪h姆”這個名字來源于玫瑰山校區(qū)所在地-福特漢姆村。該村得名于其靠近布朗克斯河的一處淺灘，在英語中名為“Ford by theHamlet”（村落邊的淺灘），縮略則可寫成“Fordham”（福特漢姆）。20世紀(jì)初期，福特漢姆和威斯特切斯特縣的另外幾處城鎮(zhèn)合并成為布朗克斯的時候，該村遂成為布朗克斯區(qū)的福特漢姆社區(qū)。 該社區(qū)存留至今，現(xiàn)址在玫瑰山的西邊。
1908年，福特漢姆大學(xué)出版社成立。1912年，大學(xué)設(shè)置藥學(xué)院，該院提供三年制的醫(yī)藥學(xué)課程。直至1930年代前，藥學(xué)院并無需要學(xué)生獲得學(xué)士學(xué)位的規(guī)定，因而大部分學(xué)生均為猶太人。此外，猶太學(xué)生可以免除當(dāng)時要求的天主教的神學(xué)課程。長期擔(dān)任藥學(xué)院院長的雅各布·迪納（Jacob Diner）亦為猶太人。
1913年，圣弗朗西斯夏澤爾學(xué)院（St. Francis Xavier）關(guān)閉，隨后福特漢姆大學(xué)的諸多學(xué)院選擇在曼哈頓下城的伍爾沃斯大廈（Woolworth Building）辦學(xué)，是為福特漢姆大學(xué)林肯中心的前身。后來這些學(xué)院遷至百老匯大街302號。
1919年，因為缺乏捐助和一戰(zhàn)導(dǎo)致的財政緊張，福特漢姆大學(xué)正式關(guān)閉其醫(yī)學(xué)院。1920年，加貝利商學(xué)院（Gabelli School of Business）在曼哈頓初辦，彼時命名為會計學(xué)院。 1944年，在《退伍軍人法》（GI Bill）和老兵的支持下，專業(yè)教育和繼續(xù)教育學(xué)院（ School of Professional and Continuing Studies）建立。
福特漢姆大學(xué)的橄欖球項目始于1882年，但是直至20世紀(jì)初才聞名全國。福特漢姆大學(xué)橄欖球隊層出征各類大型賽事，凡其出場便令馬球球場（Polo Ground）和揚基體育場（Yankee Stadium）觀眾人滿為患。同時，該校校隊也曾列席過棉花杯（Cotton Bowl）的比賽并曾摘得白糖杯（Sugar Bowl）校際聯(lián)賽冠軍。在校隊教練吉姆·克勞利（Jim Crowley）和弗蘭克·萊希（Frank Leahy）的帶領(lǐng)下，福特漢姆大學(xué)橄欖球隊曾產(chǎn)生過著名的“七塊花崗巖”（Seven Blocks of Granite）的進攻組。1939年9月30日，福特漢姆大學(xué)校橄欖球隊參加了歷史上首場電視轉(zhuǎn)播的橄欖球比賽，并以34比7的絕對優(yōu)勢擊敗了威里斯堡大學(xué)（Waynesburg College）隊。二戰(zhàn)期間，橄欖球項目一度被中止。直到1946年，福特漢姆大學(xué)才恢復(fù)了橄欖球項目。然而，恢復(fù)后的橄欖球隊并不如以往那般成功且因費用增長而難以為繼，故橄欖球項目于1956年再度擱置。1970年，福特漢姆大學(xué)橄欖球項目再度恢復(fù)后加入了美國大學(xué)體育協(xié)會（NCAA）的第三梯隊；1989年又晉升第一梯隊。
1951-2000
1961年，林肯中心（Lincoln Center）校區(qū)作為林肯廣場革新計劃（Lincoln Square Renewal Project）正式開張，但直至1969年福特漢姆大學(xué)的市區(qū)分校從百老匯大街302號搬遷至新址。1964年，托馬斯莫爾女校（Thomas More Female Collge）在玫瑰山成立，與福特漢姆大學(xué)玫瑰山校區(qū)并立。1960年代晚期，福特漢姆大學(xué)成為了當(dāng)時民權(quán)運動和反主流文化運動的核心。在這段時期，該校學(xué)生定期舉行抗議和罷課，更有甚者公然在學(xué)校公共區(qū)域服用致幻藥。為回應(yīng)學(xué)生對學(xué)術(shù)自由和課程自由的要求，校方于1967年開辟了本薩利姆學(xué)院（Bensalem College）。該學(xué)院不設(shè)分?jǐn)?shù)或任何的學(xué)術(shù)要求，純粹為學(xué)生研究服務(wù)。學(xué)院開張之初便引來一眾教育學(xué)家的研究，《看》《時尚先生》和《星期六評論》等流行雜志為之做了詳盡的報道。然而，學(xué)院在1974年關(guān)閉。
1969年，因為時任總統(tǒng)理查德·尼克松將于大學(xué)發(fā)表演講，福特漢姆大學(xué)的學(xué)生在通往玫瑰山校區(qū)的路上靜坐抗議，尼克松的演講也因此被迫取消。一年之后，學(xué)生沖入主校區(qū)的行政大樓并持續(xù)占領(lǐng)了數(shù)周。期間，有學(xué)生在教員休息室縱火。在政治運動的高發(fā)時期，校內(nèi)的非洲和美洲學(xué)部聯(lián)合左翼學(xué)生報紙宣告成立，該學(xué)部亦為全美首個研究黑人文化的大學(xué)學(xué)部。盡管玫瑰山校區(qū)的政治運動硝煙已經(jīng)散去，在林肯中心校區(qū)政治運動依然活躍——學(xué)生常常組織抗議支持各類政治主張。
1969年，由許多非教員組成的信托委員會成立，從而使得學(xué)校成為一所獨立的學(xué)術(shù)機構(gòu)。1972年，藥學(xué)院因為招生數(shù)下降而關(guān)閉。1974年，托馬斯莫爾女校與福特漢姆大學(xué)玫瑰山分校合并，學(xué)校至此開始男女合校。
1993年，林肯中心校區(qū)增設(shè)了一幢20層的學(xué)術(shù)宿舍大樓，該宿舍可容納850名學(xué)生。1996年，林肯中心校區(qū)本科部在歷經(jīng)數(shù)次易名后終被命名為福特漢姆林肯中心學(xué)院（Fordham College at Lincoln Center）。自1969年成立以來，該校區(qū)先后使用過“福特漢姆大學(xué)文理學(xué)院”（The Liberal Arts College）和“林肯中心學(xué)院”（The College at Lincoln Center）的名稱。
2001至今
2002年7月，由圣心瑪麗會（Religious of the Sacred Heart of Mary ）建立于1907年的獨立女�！旣惷商貙W(xué)院（Marymount College）被合并入福特漢姆大學(xué)，因為該校自1970年代開始便深陷財政泥沼。合并后的學(xué)院校址仍在曼哈頓以北40公里處的塔里鎮(zhèn)（Tarrytown），但已改為專業(yè)教育和繼續(xù)教育學(xué)院的分部，研究生院的教育、公共服務(wù)和商業(yè)管理項目也在此處教授。,
2005年，福特漢姆大學(xué)宣布瑪麗蒙特學(xué)院將被分離出去。2007年5月，合并后最后一批畢業(yè)生被授予學(xué)位后離開。雖然瑪麗蒙特學(xué)院已經(jīng)拆分出去，但福特漢姆大學(xué)研究生院的部分項目依然會在該校進行。2007年秋，福特漢姆大學(xué)宣布將易手瑪麗蒙特學(xué)院。對此，校方管理層的解釋是維持該校區(qū)的經(jīng)費已經(jīng)遠(yuǎn)超學(xué)校的承擔(dān)能力。雖然學(xué)校官方爾后估計出售賣瑪麗蒙特學(xué)院后的獲利將低于繼續(xù)維持經(jīng)營和改善學(xué)校狀況的成本，麥克沙恩校長仍申明出售校區(qū)的做法無疑是令人“痛心”的。為此，福特漢姆大學(xué)表示計劃于2008年秋之前將把學(xué)校在瑪麗蒙特學(xué)院的剩余項目搬遷到紐約的哈里森（Harrison）。2002年2月17日，校方宣布將瑪麗蒙特校區(qū)以2700萬美元售予經(jīng)營語言學(xué)校的英孚教育集團。因此福特漢姆大學(xué)成功在五年內(nèi)籌到5.4億美元，超過了原本的5億美元籌資計劃。
現(xiàn)時林肯中心校區(qū)正在進行翻修和更新，法學(xué)院新大樓及本科生新宿舍亦交付使用，而原法學(xué)院大樓正在整修以待加貝利商學(xué)院入駐。此外，長期計劃亦囊括一座新圖書館大樓及用以容納畢業(yè)生院的社會服務(wù)和教育學(xué)院系的大樓。
2014年以來，學(xué)校屢遭學(xué)生對校方政策的抗議。作為有天主教傳統(tǒng)的學(xué)校，學(xué)校致力于禁止分發(fā)及使用避孕藥物。遭禁的學(xué)生組織“性與性別平等及安全學(xué)生會”（Students for Sex & Gender Equality and Safety，SAGES）的活躍分子對此政策提出抗議。他們組織了派發(fā)避孕套及各類活動以制造混亂。時至今日，呼吁學(xué)校改革的活動仍在進行之中。
