1864年4月,Ambrose E. Burnside將軍率美國第九陸軍集團軍的6000名北方士兵在馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院的校園駐扎。在此期間士兵破壞了數(shù)百英尺長的木制籬笆去生火并試圖燒毀一個石質(zhì)谷倉。馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院后來試圖起訴聯(lián)邦政府賠償損失但不幸敗訴。1864年夏天,Bradley T. Johnson將軍率領(lǐng)大約400名南方士兵在馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院的校園駐扎。當(dāng)時同情南方的校長Henry Onderdonk對南方軍隊的到來表示了歡迎。在內(nèi)戰(zhàn)期間經(jīng)濟問題迫使學(xué)校當(dāng)局出售了300英畝的土地。但入學(xué)人數(shù)的銳減最終導(dǎo)致馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院破產(chǎn)。隨后馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院的校園被用作男童預(yù)備學(xué)校。
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