美國(guó)內(nèi)戰(zhàn)結(jié)束后馬里蘭州立法院結(jié)束了馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院的破產(chǎn)狀態(tài)并獲取了其一半的所有權(quán)。馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院成為一所半公立學(xué)院。1867年10月馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院重新成立并招收了11名學(xué)生。在隨后的6年里，馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院償還了所有的債務(wù)。在此后的二十年內(nèi)，由于聯(lián)邦政府投資的一個(gè)農(nóng)業(yè)試驗(yàn)站的成立，馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院開(kāi)始成為一個(gè)研究機(jī)構(gòu)。同期馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院還在一系列領(lǐng)域獲得了管理權(quán)，例如農(nóng)場(chǎng)疾病控制，牧草檢查；還建立了州氣象局以及林業(yè)會(huì)議。
1888年馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院開(kāi)始了正是的校際籃球比賽，當(dāng)年的對(duì)手有圣約翰學(xué)院和美國(guó)海軍學(xué)院。
1897年，第一個(gè)兄弟會(huì)Phi Sigma Kappa進(jìn)入了馬里蘭農(nóng)業(yè)學(xué)院。
1898年Morrill Hall建立，這是馬里蘭大學(xué)仍然在使用的教學(xué)樓中歷史最悠久的建筑。
