羅切斯特大學(xué)成立于1850年，最開始時(shí)為一個(gè)浸信會(huì)資助的學(xué)校。該校的成立源于柯蓋德大學(xué)所在的美國(guó)紐約州的漢密爾頓市。1848年，浸信會(huì)教育協(xié)會(huì)（Baptist Education Society）計(jì)劃將柯蓋德大學(xué)搬到羅切斯特市，但由于法律訴訟被迫停止。表示反對(duì)的董事會(huì)成員，大學(xué)老師以及學(xué)生成立了羅切斯特大學(xué)，并于1850年1月31日從紐約州大學(xué)委員會(huì)得到了授權(quán)。同年11月份，羅切斯特大學(xué)開課，一開始共有大概60名學(xué)生。

羅切斯特大學(xué)最開始就在位于羅切斯特市區(qū)布法羅大街上的美國(guó)酒店（United States Hotel）里。1853年，校區(qū)東移至當(dāng)時(shí)的郊區(qū)，現(xiàn)在的大學(xué)街（University Avenue）上。當(dāng)?shù)厣倘伺c國(guó)會(huì)議員Azariah Boody為新校區(qū)捐贈(zèng)了8英畝的土地，后來學(xué)校又從他手中購(gòu)買了17英畝的土地來建造新校區(qū)。羅切斯特大學(xué)一直保留并使用著這個(gè)校區(qū)，直到現(xiàn)在的River Campus校區(qū)于1930年建成，這之后，學(xué)校繼續(xù)擁有一小部分大學(xué)街上的校區(qū)（學(xué)校所有的藝術(shù)紀(jì)念展覽館所在地）。

在蘇珊·安東尼以及Helen Barrett Montgomery的女權(quán)運(yùn)動(dòng)努力下，該校于1900年接收了第一批女學(xué)生。在19世紀(jì)90年代，一些女性學(xué)生曾以“訪問者”的身份在該校上課以及研究，但是她們并不算是正式登記的學(xué)生，她們的記錄也沒有包括在學(xué)校的登記冊(cè)里。校長(zhǎng)David Jayne Hill允許第一位女學(xué)生Helen E. Wilkinson正式登記成為一名普通學(xué)生，但是她也沒能被允許正式錄取以及獲取學(xué)位。直到1900年，33位女性學(xué)生才成為該校的正式學(xué)生，她們之中Ella S. Wilcoxen于1901年正式獲得了學(xué)位。當(dāng)River Campus于1930年建成后，男生被先轉(zhuǎn)到新校區(qū)，而女生們則一直在University Avenue校區(qū)繼續(xù)上課至1955年。

學(xué)校的主要發(fā)展出現(xiàn)在1900-1935年，學(xué)校的第三任校長(zhǎng)Rush Rhees在職期間。在這期間，柯達(dá)公司的創(chuàng)辦人喬治·伊士曼捐贈(zèng)了超過5千萬美元，成為學(xué)校的主要捐贈(zèng)者。學(xué)校于1925年授初的第一個(gè)哲學(xué)博士學(xué)位。1955年，原先的男女分院正式合并為一個(gè)藝術(shù)科學(xué)及工程學(xué)院（University of Rochester College of Arts Sciences and Engineering）。1958年，學(xué)校成立了工程、工商管理以及教育三個(gè)新的學(xué)院。

1995年，學(xué)校第九任校長(zhǎng)Thomas H. Jackson宣布了一項(xiàng)“復(fù)興計(jì)劃”，包括有縮減招生人數(shù)與制定更嚴(yán)格的招生審核流程。這個(gè)計(jì)劃也修改了本科課程設(shè)置，并一直延續(xù)到現(xiàn)在。