波莫納學(xué)院在1887年10月14日作為一所男女合校的高等學(xué)府建校。建校者最初的目的是模仿小型的新英格蘭式的學(xué)校創(chuàng)立一所學(xué)院。學(xué)院最初被建立在波莫納小鎮(zhèn)，在1888年9月12日在一個(gè)租聘的房屋內(nèi)開始了第一堂課的授課。第二年，學(xué)校遷移到了克萊蒙特鎮(zhèn)的一個(gè)未完全建好的酒店內(nèi)。這幢樓房最后變成了如今的Sumner Hall，招生辦和校園事務(wù)所的辦公所在地。在學(xué)校搬遷之后，學(xué)院的名字正式改成了波莫納學(xué)院（Pomona College）。波莫納第一批10個(gè)畢業(yè)生于1894年正式獲得學(xué)士學(xué)位證書。

建校者們的理念始終引領(lǐng)著波莫納學(xué)院秉著著教育公平的信仰。如同其他由公理會(huì)成員建立的學(xué)校一樣（哈佛，達(dá)特茅斯，明德，鮑登等），波莫納學(xué)院有著自己的行政管理董事會(huì)，確保其獨(dú)立性。最早的一批理事會(huì)成員包括了由威廉姆斯學(xué)院，達(dá)特茅斯學(xué)院，科爾比學(xué)院以及耶魯大學(xué)等的優(yōu)秀畢業(yè)生，一切為了為了創(chuàng)建一所新英格蘭式的學(xué)院的目標(biāo)而奮斗。在20世紀(jì)20年代初，隨著學(xué)院的壯大，學(xué)校主席James A. Blaisdell，呼吁“把一群院校拆分成小型學(xué)院—類似于牛津式—使得他們能夠共享圖書館以及其他設(shè)施資源”，這個(gè)決策使得波莫納學(xué)院在保留其優(yōu)良的小班文理教學(xué)的基礎(chǔ)上能夠獲得寶貴的大型綜合性大學(xué)的設(shè)備和資源。在1925年10月14日這個(gè)歷史性的日子里，克萊蒙特學(xué)院聯(lián)盟成立了。到1997年，這個(gè)聯(lián)盟正式發(fā)展壯大到了如今的五所頂級文理學(xué)院和兩所研究生院。

如今，波莫納學(xué)院成為了世界上最挑剔和最富有的大學(xué)之一，波莫納學(xué)院擁有著和常青藤盟校所媲美的SAT和ACT均分和全美最高的人均財(cái)政預(yù)算之一。波莫納以高質(zhì)量的本科教學(xué)，豐厚的財(cái)政補(bǔ)助，卓越的師資力量，優(yōu)良的生活環(huán)境和杰出的畢業(yè)生校友在全美乃至全世界高等教育的舞臺(tái)上立有一席之地。平均每年200多個(gè)學(xué)生的實(shí)習(xí)項(xiàng)目機(jī)會(huì)，200多個(gè)暑期科研項(xiàng)目機(jī)會(huì)，波莫納學(xué)院是在美國有著最高的人均職業(yè)發(fā)展培養(yǎng)項(xiàng)目機(jī)會(huì)的高等院校之一。波莫納學(xué)院在在校學(xué)生人均獲得高等科研基金百分比排名中位列全美第8，在2013年波莫納的在校學(xué)生取得了全美最多數(shù)量的Goldwater科研獎(jiǎng)學(xué)金，超過全美所有文理學(xué)院甚至是有著眾多學(xué)生基數(shù)的綜合性大學(xué)。將近百分之85的波莫納畢業(yè)生校友在10年之內(nèi)獲得研究生博士學(xué)歷，其畢業(yè)校友的身影遍布全美最頂尖的碩博士項(xiàng)目。