波莫納學院在1887年10月14日作為一所男女合校的高等學府建校。建校者最初的目的是模仿小型的新英格蘭式的學校創(chuàng)立一所學院。學院最初被建立在波莫納小鎮(zhèn)，在1888年9月12日在一個租聘的房屋內(nèi)開始了第一堂課的授課。第二年，學校遷移到了克萊蒙特鎮(zhèn)的一個未完全建好的酒店內(nèi)。這幢樓房最后變成了如今的Sumner Hall，招生辦和校園事務所的辦公所在地。在學校搬遷之后，學院的名字正式改成了波莫納學院（Pomona College）。波莫納第一批10個畢業(yè)生于1894年正式獲得學士學位證書。
建校者們的理念始終引領著波莫納學院秉著著教育公平的信仰。如同其他由公理會成員建立的學校一樣（哈佛，達特茅斯，明德，鮑登等），波莫納學院有著自己的行政管理董事會，確保其獨立性。最早的一批理事會成員包括了由威廉姆斯學院，達特茅斯學院，科爾比學院以及耶魯大學等的優(yōu)秀畢業(yè)生，一切為了為了創(chuàng)建一所新英格蘭式的學院的目標而奮斗。在20世紀20年代初，隨著學院的壯大，學校主席James A. Blaisdell，呼吁“把一群院校拆分成小型學院—類似于牛津式—使得他們能夠共享圖書館以及其他設施資源”，這個決策使得波莫納學院在保留其優(yōu)良的小班文理教學的基礎上能夠獲得寶貴的大型綜合性大學的設備和資源。在1925年10月14日這個歷史性的日子里，克萊蒙特學院聯(lián)盟成立了。到1997年，這個聯(lián)盟正式發(fā)展壯大到了如今的五所頂級文理學院和兩所研究生院。
如今，波莫納學院成為了世界上最挑剔和最富有的大學之一，波莫納學院擁有著和常青藤盟校所媲美的SAT和ACT均分和全美最高的人均財政預算之一。波莫納以高質(zhì)量的本科教學，豐厚的財政補助，卓越的師資力量，優(yōu)良的生活環(huán)境和杰出的畢業(yè)生校友在全美乃至全世界高等教育的舞臺上立有一席之地。平均每年200多個學生的實習項目機會，200多個暑期科研項目機會，波莫納學院是在美國有著最高的人均職業(yè)發(fā)展培養(yǎng)項目機會的高等院校之一。波莫納學院在在校學生人均獲得高等科研基金百分比排名中位列全美第8，在2013年波莫納的在校學生取得了全美最多數(shù)量的Goldwater科研獎學金，超過全美所有文理學院甚至是有著眾多學生基數(shù)的綜合性大學。將近百分之85的波莫納畢業(yè)生校友在10年之內(nèi)獲得研究生博士學歷，其畢業(yè)校友的身影遍布全美最頂尖的碩博士項目。
