佛羅里達大西洋大學(xué)擁有19支大學(xué)體育代表隊，其中佛羅里達大西洋貓頭鷹隊已經(jīng)成為全美大學(xué)體育協(xié)會最高級別的美式足球隊伍。大學(xué)的體育課程開設(shè)于1979年，學(xué)校首度贊助校際球隊。自那以后，大學(xué)通過聘請霍華德·施納倫伯格、馬特·多赫蒂、雷克斯·沃爾特斯和邁克·賈維斯等教練來提高校隊的體育競技水平。2006年，美國大學(xué)生競技董事協(xié)會將佛羅里達大西洋大學(xué)的體育部門排在全國第79位。這一排名讓佛羅里達大西洋步入全美大學(xué)體育協(xié)會最高級別的326所學(xué)府中最好24%的行列，大學(xué)的校色分別是FAU藍、FAU紅和FAU銀。
2008年，佛羅里達大西洋貓頭鷹隊在常規(guī)賽取得了6勝6負的成績而獲邀參加2008年汽車城杯，貓頭鷹隊以24比21戰(zhàn)勝中密歇根大學(xué)，將決賽紀(jì)錄刷新為兩勝無負。之前的一個賽季中，球隊在常規(guī)賽決賽中擊敗特洛伊大學(xué)而獲得參加新奧爾良杯的入場券。這時大學(xué)的美式足球項目組建還只有7個年頭，也是參加最高級別比賽的第3個年頭。在這場比賽中獲勝后，佛羅里達大西洋不但創(chuàng)造了全美大學(xué)體育協(xié)會大學(xué)體育項目組建后以最快速度打入最終決賽的新紀(jì)錄，還創(chuàng)造了最快獲得全國冠軍的新紀(jì)錄，大學(xué)的聲譽也由此得到了激增。
過去的賽季中貓頭鷹隊的表現(xiàn)為其獲得了多項榮譽。2006-2007賽季，其男子籃球隊成為全國大學(xué)籃球隊中的“最佳進攻隊伍之一”，其“恐怖的進攻”為之贏得了“最佳投籃球隊”的聲譽。2010年男子籃球隊首次以61比59險勝密西西比州立大學(xué)，并以50比42擊敗南佛羅里達大學(xué)，獲得了21勝9負的好成績。
學(xué)校的棒球隊也獲得了全美大學(xué)體育協(xié)會的認同，在5個團隊類別中都評上了前10名。球隊的均場本壘打率（1.66）和長打率（.563）均在全國排名第3。2010年，貓頭鷹棒球隊打出了21勝9負的好成績，并在決賽中以37比24戰(zhàn)勝佛羅里達國際大學(xué)贏得常規(guī)賽季冠軍。
