紐約州立賓漢姆頓大學(xué)設(shè)立于1946年，建校時為三城學(xué)院（Triple Cities College)。三城學(xué)院起初是雪城大學(xué)的分校，直到1950年并入紐約州立大學(xué)系統(tǒng), 并更名為哈勃學(xué)院（Harpur College）。到1953年時，哈勃學(xué)院就已經(jīng)發(fā)展成學(xué)科健全的綜合性大學(xué)，吸引了相當(dāng)多當(dāng)?shù)貎?yōu)秀的學(xué)生前來就讀。50年代后期，哈勃學(xué)院的學(xué)生申請人數(shù)與學(xué)術(shù)聲譽(yù)如日中天，并且被紐約州政府任命為紐約州立大學(xué)具有授予博士文憑資格的大學(xué)中心之一，當(dāng)時紐約州僅有4所州立大學(xué)具有博士學(xué)位授予權(quán)。
賓漢姆頓大學(xué)是紐約州四個旗艦大學(xué)中心中第一個并入紐約州立大學(xué)體系的，并于1965年更名為紐約州立大學(xué)賓漢姆頓分校（State University of New York at Binghamton，簡稱 SUNY-Binghamton）。1992年為了更好地和SUNY系統(tǒng)其他學(xué)校區(qū)分，該校將日常使用的非正式校名確定為賓漢姆頓大學(xué)—紐約州立大學(xué)（Binghamton University, State University of New York），但是學(xué)校的官方正式名稱依舊是紐約州立大學(xué)賓漢姆頓分校（State University of New York at Binghamton）。
值得一提的是，國際商業(yè)機(jī)器公司的創(chuàng)辦人托馬斯·J·沃森先生在當(dāng)初建校的過程中貢獻(xiàn)良多。早在1940年代，有鑒于賓漢姆頓地區(qū)及IBM未來的發(fā)展需要地方上有高等教育資源相配合, 沃森先生捐出部分土地作為建校所需。這塊位于恩迪克特（Endicott）的校址，也被視為賓漢姆頓大學(xué)的發(fā)源地。雖然恩迪克特校址只使用了三年，學(xué)校就搬遷至目前在維斯塔爾鎮(zhèn)（Vestal）的現(xiàn)址，為了感念沃森先生對該校的貢獻(xiàn)，目前工程與應(yīng)用科學(xué)學(xué)院（Thomas J. Watson School of Engineering and Applied Science）以托馬斯·J·沃森為名。
