1385年末，海德堡大學(xué)初由大公魯普萊希特一世（Ruprecht I）依教皇伍朋六世特許籌建，以為分裂的普法爾茨營(yíng)造一思想中心，吸納外邦人才，服務(wù)于教會(huì)及國(guó)家。而早期的教授均來(lái)自宗教分裂與民族戰(zhàn)爭(zhēng)頻仍地區(qū)，尋求平和于海德堡。14世紀(jì)彼得教堂成為大學(xué)教堂。歷任大公均對(duì)大學(xué)傾注心力，然當(dāng)其慮及必要時(shí)，亦得隨意插手大學(xué)自主自治之事務(wù)。由此也為諸如人文主義等思潮的到來(lái)創(chuàng)造了歷史條件。
宗教改革
盡管馬丁·路德于1518年倡導(dǎo)宗教改革，海德堡大學(xué)長(zhǎng)時(shí)間均未受此影響。直到1556年時(shí)才由奧騰里希（Ottheinrich）大公將其轉(zhuǎn)變?yōu)橐粋�(gè)新教大學(xué)。16世紀(jì)后半葉由弗里德里希三世（Friedrich III）將海德堡大學(xué)建成了具有加爾文主義精神的歐洲科學(xué)與文化中心。其加爾文主義理念的光芒吸引了全歐眾多教授與學(xué)者紛涌而至。在神學(xué)院的影響下，1563年出現(xiàn)了著名的海德堡教理問(wèn)答錄。除加爾文主義外，16世紀(jì)末出現(xiàn)了后人文主義。
三十年戰(zhàn)爭(zhēng)
這一黃金時(shí)期延續(xù)至1618年。三十年戰(zhàn)爭(zhēng)使海德堡大學(xué)受到重創(chuàng)，教學(xué)幾經(jīng)中斷。1622年舉世聞名的帕勒提那圖書(shū)館移往羅馬。戰(zhàn)后大學(xué)重建工作又因1693年路易十四（Ludwigs XIV. 法語(yǔ) Louis XIV.）的軍隊(duì)對(duì)海德堡的全面毀壞而陷于停滯。海德堡大學(xué)因此又關(guān)閉多年。
十八世紀(jì)
18世紀(jì)的海德堡正如幾乎所有其它大學(xué)那樣彌漫著知識(shí)上的中庸主義。一直延續(xù)的新教主義色彩因遲來(lái)的改革而逐漸喪失。財(cái)政上的困境與18世紀(jì)末不斷的革命戰(zhàn)爭(zhēng)使海德堡大學(xué)再次陷入困境。
十九世紀(jì)
1802年海德堡劃入巴登州，翻開(kāi)了大學(xué)歷史新的一頁(yè)。海德堡大學(xué)重新組織后，成為國(guó)家財(cái)政支撐的教研機(jī)構(gòu)。巴登州第一位大公卡爾·弗里德里希的名字被寫(xiě)入大學(xué)基金會(huì)的名單，從此，大學(xué)的全稱成了“魯普萊希特-卡爾斯-海德堡大學(xué)”。 大學(xué)受到新人文主義的影響，同時(shí)許多教授和學(xué)者也是浪漫主義思潮的追隨者。哲學(xué)家黑格爾曾于海德堡執(zhí)教兩年；施羅塞爾建立了政治史科學(xué)的海德堡學(xué)派；醫(yī)學(xué)家馬克西米利安·約瑟夫·馮·切利烏斯更令全歐的患者慕名而至。海德堡的教授們屹立于自由主義的最前沿，許多人還是1848年法蘭克福國(guó)民大會(huì)的議員。1848革命后，路德維�！せ粢寥麪枺↙udwig Häusser）成為自由民族國(guó)家主義在德國(guó)西南部的代言人。海德堡大學(xué)的自然科學(xué)在羅伯特·本森,古斯塔夫·基�；舴蚣昂章ゑT·赫姆霍茨等人的共同努力下閃耀著眩目光輝的19世紀(jì)，同時(shí)也是海德堡以法學(xué)聞名于世的時(shí)代。1886年海德堡大學(xué)度過(guò)了500年校慶。
二十世紀(jì)
在此期間，海德堡大學(xué)成為向世界開(kāi)放的自由主義大學(xué)。這不僅表現(xiàn)在其外國(guó)學(xué)生的數(shù)量上，而且還表現(xiàn)在自20世紀(jì)初以來(lái)的所謂海德堡精神上：即由馬克思·韋伯及其摯友、神學(xué)家恩斯特·特羅爾切連同其他一批年輕學(xué)者所倡導(dǎo)的跨學(xué)科的對(duì)話精神。
魏瑪共和國(guó)
魏瑪共和國(guó)時(shí)期的海德堡
大學(xué)在大批知名學(xué)者如卡爾·亞斯波斯（Karl Jaspers）、古斯塔夫·拉德布魯赫（Gustav Radbruch）、阿爾弗雷德·韋伯（Alfred Weber）等人的影響下成為了德國(guó)民主精神的橋頭堡。來(lái)自美國(guó)的捐助幫助海德堡大學(xué)建立了新的大學(xué)園區(qū)，大學(xué)獲得了新的精神：弗里德里�！す捕喾蚍Q之為獻(xiàn)身于鮮活的時(shí)代精神。不過(guò)這同樣留下了一個(gè)陰影：它導(dǎo)致學(xué)生運(yùn)動(dòng)如此偏激，以至溫和主義者埃米爾·共伯爾（Emil Gumbel）離開(kāi)了海德堡大學(xué)。海德堡在這一時(shí)期的學(xué)術(shù)形象是由哲學(xué)系和法學(xué)系來(lái)代表的。不過(guò)魯?shù)婪颉ゑT·科雷爾（Ludolf von Krehl）也以其全面醫(yī)學(xué)的理念開(kāi)創(chuàng)了新的道路。物理學(xué)家菲力普·雷納德（Philipp Lenard）作為國(guó)家社會(huì)主義的支持者也在此影響了多年。
第三帝國(guó)
第三帝國(guó)的建立導(dǎo)致海德堡大學(xué)因政治和種族原因驅(qū)逐了一大批教師和學(xué)生。許多人流亡于外，兩名教授成為了恐怖主義的直接犧牲品。大學(xué)本身的許多人都參與了在大學(xué)廣場(chǎng)上發(fā)生的1933年德國(guó)焚書(shū)運(yùn)動(dòng)。受到政權(quán)追隨者的影響，海德堡大學(xué)的“獻(xiàn)身于鮮活的時(shí)代精神”不幸變成了“德意志精神”。許多人包括一些教授也加入了這一口號(hào)的追隨者的行列。
聯(lián)邦共和國(guó)
二戰(zhàn)結(jié)束時(shí)，大學(xué)已遭到極大的破壞，亟須注入新的精神理念。在卡爾·亞斯波斯（Karl Jaspers）的帶領(lǐng)下，海德堡大學(xué)制定了新的章程，規(guī)定大學(xué)有義務(wù)“服務(wù)于真理、公平及人文主義的活的精神”。重建后的大學(xué)校園布局是：自然科學(xué)與部分醫(yī)學(xué)科系位于Neuenheimer Feld的新校區(qū)，而人文社會(huì)科學(xué)院系則仍然保有位于老城的校園。 這些改革改變了迄今為止的大學(xué)結(jié)構(gòu)。大學(xué)自成立以來(lái)一直由四大院系（神學(xué)、法學(xué)、哲學(xué)、醫(yī)學(xué)）組成，直至1890年增加了自然科學(xué)作為第五個(gè)科系。而1969年大學(xué)劃分為16個(gè)院系。學(xué)生數(shù)量也持續(xù)增加 - 在1986年(600年校慶時(shí))海德堡大學(xué)有27.000名在冊(cè)大學(xué)生。大學(xué)生群體是海德堡這個(gè)小城令人矚目的一族。 海德堡擁有眾多外國(guó)人口的傳統(tǒng)也在戰(zhàn)后得以保持。盡管人數(shù)眾多，海德堡大學(xué)一直將教學(xué)與研究的統(tǒng)一視為己任。
學(xué)潮時(shí)期
德國(guó)的學(xué)潮影響在海德堡來(lái)得頗晚。運(yùn)動(dòng)先是圍繞公車(chē)票價(jià)及大學(xué)生參與學(xué)校管理。同時(shí)海德堡一直明確抵制越戰(zhàn)。在許多會(huì)議上還討論了關(guān)于政治代表的問(wèn)題，即學(xué)生參與一般政治活動(dòng)權(quán)利的問(wèn)題。部分教授及州政府、基督教民主聯(lián)盟黨的學(xué)生組織都大力反對(duì)這種權(quán)利，而社會(huì)主義德國(guó)學(xué)生聯(lián)盟及大部分學(xué)生團(tuán)體則支持這一權(quán)利。緊急狀態(tài)法與學(xué)生權(quán)利在許多辯論中成為交織在一起的話題。
九十年代以后
過(guò)去十幾年，海德堡大學(xué)通過(guò)一系列科研方面的校際交流合作，在醫(yī)學(xué)、神經(jīng)生命科學(xué)、物理學(xué)、數(shù)學(xué)與信息學(xué)、法學(xué)與大眾經(jīng)濟(jì)學(xué)等學(xué)科取得了良好的聲譽(yù)。作為第一所德國(guó)大學(xué)，海德堡大學(xué)在海外如埃及、智利與美國(guó)馬薩諸塞等地建立了分校，以拓展學(xué)校的知名度。
今日現(xiàn)狀
今天，海德堡大學(xué)的構(gòu)成是：自然科學(xué)、體育科學(xué)及大部分醫(yī)學(xué)科系均坐落在Neuenheimer Feld的新校區(qū)，而人文社會(huì)科學(xué)的院系如法學(xué)院及校長(zhǎng)辦公室和大學(xué)管理樓則位于海德堡的老城區(qū)。大學(xué)的其它一些機(jī)構(gòu)散落在海德堡的市區(qū)及周邊地區(qū)。
