1419年，經(jīng)教宗馬丁五世2月13日簽署的教諭許可，梅克倫堡公爵約翰三世和阿爾布萊希特五世與漢薩城市羅斯托克的市議會共同創(chuàng)建了羅斯托克大學，開幕慶典于11月12日在圣瑪麗亞教堂舉行。大學最初由法學院，醫(yī)學院和藝術學院（約1580年改稱為哲學院）組成，而神學院的建立因異端思潮影響直到1432年才被教宗尤金四世允諾。

十五世紀，有400至500名學生在羅斯托克大學學習，主要來自荷蘭、斯堪的納維亞和波羅的海沿岸地區(qū)。羅斯托克大學據(jù)此在當時的德國屬于大規(guī)模大學之列。由于政局混亂，羅斯托克大學于1437年在教會的壓力下，服從巴塞爾宗教會議的禁令遷往格賴夫斯瓦爾德。此禁令于1440年撤銷，而大學直到1443年才遷回羅斯托克，1487年至1488年（一說至1492年）大學又曾遷往漢薩城市呂貝克。

十六世紀，人文主義和路德學說傳入羅斯托克大學。隨羅斯托克市之后,大學于1542年接受新教。

十七世紀，約阿希姆·詠鳩斯于1622年在羅斯托克大學創(chuàng)辦了德國第一所自然科學研究學會。而后的三十年戰(zhàn)爭使奉行路德新教的羅斯托克大學一度走入低潮，變?yōu)橐粋�地方青年的高校。獵女巫時期林特爾恩大學、羅斯托克大學和維滕貝格大學是最重要的鑒定大學，當時各德國大學法學院的裁判方法非常不同，赫爾姆施泰特大學和林特爾恩大學的法學院被認為是強硬派。

十八世紀，梅克倫堡-什未林公爵虔誠者弗里德里希因教義分歧干涉羅斯托克大學事務, 于1760年同擁護公爵的教授在比措籌建新校, 此校于1789年由公爵弗里德里�！じヌm茨一世授意回歸羅斯托克大學。

十九世紀，梅克倫堡的兩個公國于1815年均升格為大公國，羅斯托克大學的所有權于1827年歸屬梅克倫堡-什未林大公。此后羅斯托克大學得以擴建，1870年建成了梅克倫堡式文藝復興風格的新主樓，1899年開辦了德國第一所大學附屬耳鼻喉科醫(yī)院。

二十世紀，羅斯托克大學于1919年建校五百周年之際授予阿爾伯特·愛因斯坦和馬克斯·普朗克榮譽博士學位。納粹時期大學在校生人數(shù)銳減，與此前1930年的1700人對比, 1939年在校生僅有700余人。愛因斯坦在羅斯托克大學的榮譽博士學位，也是他的第一項此類榮譽，在這一時期并未撤銷，其原因未知。二戰(zhàn)期間大學暫時關閉，1946年2月24日重新開放。適應當時局勢需要，大學曾設置一所開辦至1963年的以培養(yǎng)青年精英為目的的恩斯特·臺爾曼工農(nóng)學院。1950年農(nóng)業(yè)學院成立，1951年造船系成立，1963年造船系改稱技術學院，這也是德國古典大學首次設置工科院系，同年亦增設了工程經(jīng)濟系。1976年大學更名為威廉·皮克大學，直至1990年德國統(tǒng)一恢復原名，此后羅斯托克大學進行了新的院系調(diào)整。