該校受國防部和州教育部雙重領(lǐng)導(dǎo)。但學(xué)術(shù)問題由學(xué)校自行解決，教授需經(jīng)有關(guān)州的教育部同意后由國
防部長任命。學(xué)校設(shè)校長1名，校長每屆任期6年。校長為文官。校長的領(lǐng)導(dǎo)工作可得到學(xué)校評議會的有力支持，評議會是學(xué)校對一切學(xué)術(shù)活動的決策機關(guān)。學(xué)校下設(shè)教學(xué)與研究部、行政管理部、學(xué)員部三個機構(gòu)。教學(xué)與研究部下轄計算機中心、語言中心、體育中心、文件資料中心、校圖書館中心，還有18個專業(yè)系，每個系有一個行政管理單位和一個專業(yè)圖書館，有的系還有若干個實驗室和車間。學(xué)員部，由所有在校學(xué)習(xí)的學(xué)員組成，由一位軍隊勤務(wù)長官領(lǐng)導(dǎo)。該校教職人員 295人，軍事教官16人。專業(yè)教育全是文職人員。軍事教官的主要任務(wù)是，幫助學(xué)員復(fù)習(xí)學(xué)過的軍事知識和給他們講授新的軍事專業(yè)知識；給教職人員通報軍隊情況；考察學(xué)員的學(xué)習(xí)情況和工作能力，畢業(yè)時提出對學(xué)員的使用意見。學(xué)校能容納學(xué)員2070人。學(xué)員平時著便服，只是在每星期三下午軍訓(xùn)時才著軍服。學(xué)員在校的學(xué)習(xí)和生活條件比較優(yōu)越，生活津貼按學(xué)習(xí)時間逐年增加。成績優(yōu)秀者也可攻讀博士學(xué)位。成績不及格者則須提前退役。
漢堡聯(lián)邦國防軍大學(xué)基本學(xué)制3年零3個月，最后3個月為畢業(yè)考試時間，整個學(xué)習(xí)時間最長不超過4年。每年有3個學(xué)期，每期3個月，即從10月1日至12月底為秋季學(xué)期；第2年1月1日至3月底為冬季學(xué)期；從4月1日至6月底為春季學(xué)期；7月1日至9月底為年度休假，其中約有8周時間用于專業(yè)實習(xí)和軍事訓(xùn)練，
