1806年，杜塞爾多夫?qū)儆谀闷苼觥げ冒兔梅蛉舭⑸小た娎墓纛I(lǐng)地管轄，當(dāng)時(shí)杜塞爾多夫只有幾所16世紀(jì)到18世紀(jì)發(fā)展起來(lái)的研究所，繆拉有意在杜塞爾多夫建立一所大學(xué)。1811年12月12日，拿破侖曾頒布一條命令，在公爵領(lǐng)地內(nèi)組建一所由5個(gè)院系組成的大學(xué)，但是因?yàn)檫h(yuǎn)征俄羅斯，擱置了創(chuàng)建大學(xué)的設(shè)想。
早在17世紀(jì)杜塞爾多夫就渴望有一所醫(yī)科大學(xué)，但直到1907年隨著杜塞爾多夫市立醫(yī)院的新建，才同時(shí)建立起了一所醫(yī)學(xué)院，并且只用于對(duì)醫(yī)院醫(yī)生進(jìn)行繼續(xù)培訓(xùn)。1919年醫(yī)學(xué)院有過(guò)一段短暫的時(shí)期開(kāi)展了教學(xué)，對(duì)參加戰(zhàn)爭(zhēng)的人員進(jìn)行醫(yī)療培訓(xùn)，在這段試驗(yàn)性階段過(guò)后，普魯士和杜塞爾多夫于1923年簽訂協(xié)議改制醫(yī)學(xué)院，開(kāi)始正式培養(yǎng)醫(yī)科學(xué)生。
第二次世界大戰(zhàn)后醫(yī)學(xué)院重建，1962年7月3日，北萊茵-威斯特法倫州從杜塞爾多夫市手中接管了這所醫(yī)學(xué)院，給予資金支持，并在1965年決定將醫(yī)學(xué)院轉(zhuǎn)制成為一所大學(xué)。1966年1月1日，杜塞爾多夫大學(xué)正式成立，同年2月14日舉行成立慶典，大學(xué)創(chuàng)建時(shí)除了醫(yī)學(xué)系外，還有一所自然科學(xué)和哲學(xué)的聯(lián)合院系。
杜塞爾多夫大學(xué)校園位于杜塞爾多夫南部，校園建筑竣工于20世紀(jì)70年代。當(dāng)時(shí)大學(xué)仍未以海因里�！ずＤ拿置�，海涅的崇拜者建議以海涅的名字命名他故鄉(xiāng)的大學(xué)，這引起了反對(duì)者的游行示威，反對(duì)者認(rèn)為海涅是猶太人，其所作為都是“非德意志的”，他們對(duì)海涅持拒絕的態(tài)度。這個(gè)爭(zhēng)論持續(xù)了23年，直到1988年12月20日，杜塞爾多夫大學(xué)終于決定以這位杜塞爾多夫最引以為榮的兒子命名大學(xué)，稱“杜塞爾多夫海因里�！ずＤ髮W(xué)”。
