圣保羅大學設(shè)置的學院有：
圣保羅市學區(qū)：
藝術(shù)，科學和人文科學學院（EACH）
通訊及藝術(shù)學院（ECA）
體育教育及運動學院（EEFE）
護理學院（EE）
理工學院（POLI）
建筑與城市規(guī)劃學院（FAU）
藥學學院（FCF）
法律學院（FD）
經(jīng)濟，管理和會計學院（FEA）
教育學院（FE）
哲學，文學及人文科學學院（FFLCH）
醫(yī)學院（FM）
獸醫(yī)和動物科學學院（FMVZ）
牙醫(yī)學院（FO）
公共衛(wèi)生學院（FSP）
天文，地球物理和大氣科學研究所（IAG）
生物科學研究所（IB）
生物醫(yī)學科學研究所（ICB）
能源與環(huán)境研究所（IEE）
高級研究所（IEA）
巴西研究所（IEB）
物理研究所（IF）
地球科學研究所（IGC）
數(shù)學與統(tǒng)計研究所（IME）
圣保羅熱帶醫(yī)學研究所（IMT）
心理研究所（IP）
化學研究所（IQ）
國際關(guān)系研究所（IRI）
海洋研究所（IO）
Bauru市學區(qū)：
Bauru牙醫(yī)學院（FOB）
So Carlos市學區(qū)：
So Carlos工程學院（EESC）
建筑與城市規(guī)劃學院（IAU）
數(shù)學與計算機科學學院（ICMC）
So Carlos物理研究所（IFSC）
So Carlos化學研究所（IQSC）
Lorena市學區(qū)：
Lorena市工程學院（EEL）
Piracicaba市學區(qū)：
農(nóng)業(yè)應(yīng)用核能中心（CENA）
Luiz de Queiroz高等農(nóng)業(yè)學院
Pirassununga市學區(qū)：
動物科學與食品工程學院（FZEA）
Ribeiro Preto市學區(qū)：
Ribeiro Preto體育教育及運動學院（EEFERP）
Ribeiro Preto護士學院（EERP）
Ribeiro Preto藥學部（FCFRP）
Ribeiro Preto法學院（FDRP）
Ribeiro Preto經(jīng)濟學，管理及會計學院（FEARP）
Ribeiro Preto哲學，文學及人文科學學院（FFCLRP）
Ribeiro Preto醫(yī)學院（FMRP）
Ribeiro Preto牙醫(yī)學院（FORP）
