1841年，托馬斯·里德爾受蘇格蘭長老會(huì)委托攜帶維多利亞女皇的皇家來到京士頓創(chuàng)立“女皇學(xué)院”，這就是女皇大學(xué)的前身。1847年3月7日，大學(xué)在城市邊沿的一個(gè)小木屋里正式開課了，只有兩個(gè)教授和13個(gè)學(xué)生。

最初的11年里，大學(xué)沒有固定的校舍。在加拿大聯(lián)邦成立之前，大學(xué)的經(jīng)濟(jì)來源主要依靠蘇格蘭長老會(huì)、加拿大政府和私人捐款。由于經(jīng)濟(jì)危機(jī)，銀行破產(chǎn)，大學(xué)損失了三分之二的經(jīng)費(fèi)。多虧了校長斯諾格拉斯和其他校董在全加拿大的一次緊急募捐，學(xué)校被挽救了，可是仍不斷有是否要并入多倫多大學(xué)以防經(jīng)費(fèi)來源中斷的聲音。后來，在女皇大學(xué)校友、第一贊助者Robert Sutherland的遺產(chǎn)捐助下，女皇學(xué)院得以脫離不定的經(jīng)濟(jì)狀態(tài)并且維持獨(dú)立的學(xué)院。

1881年5月17日，女皇學(xué)院正式升格為大學(xué)。1854年，皇大成立了醫(yī)學(xué)院。1861年，大學(xué)接管了京士頓的天文觀測(cè)臺(tái)。1869年，皇大招收了第一個(gè)女生。到了19世紀(jì)70年代，在校學(xué)生的人數(shù)已從15增加到100多。1912年脫離蘇格蘭長老會(huì)，并正式更名為“女皇大學(xué)”（“女王大學(xué)”/ 另被譯為“皇后大學(xué)”）。

在第一次世界大戰(zhàn)期間，因?yàn)閷W(xué)校學(xué)生、教授、校務(wù)人員，被征募入伍而造成學(xué)生注冊(cè)人數(shù)驟降，女皇大學(xué)再一次地面臨經(jīng)濟(jì)危機(jī)。最后，在100萬加拿大元的募款行動(dòng)和停戰(zhàn)之后，解除了危機(jī)。

1951年到1961年間，學(xué)校開始了一連串積極的校舍興建計(jì)劃，其中包含五棟學(xué)生宿舍。在1957年新建了以加拿大第一位總理為名的約翰·亞歷山大·麥克唐納館（John A. Macdonald Hall）。在1950年代，女皇大學(xué)主要的擴(kuò)建包括唐寧館（Dunning Hall），理查森館（Richardson Hall）。1970年代中期，學(xué)校全職生的人數(shù)達(dá)到10，000人。每個(gè)院系都得以獨(dú)自擁有專屬的系館。而1968年，女皇大學(xué)教育學(xué)系所則創(chuàng)建在主校區(qū)以西一公里處的西校區(qū)，是謂西校區(qū)的開始。

1993年，女皇大學(xué)獲贈(zèng)Herstmonceux城堡，位於英國英格蘭東薩塞克斯�，F(xiàn)今，Herstmonceux城堡則作為“Bader國際教學(xué)中心”。

2010年五月，女皇大學(xué)成為了The Matariki Network of Universities的創(chuàng)始成員。

作為一所公立研究型大學(xué)院校，女皇大學(xué)亦是加拿大大專院校協(xié)會(huì)（Association of Universities and Colleges of Canada）會(huì)員之一。

英國皇室成員來訪

1991年，女皇大學(xué)慶祝150周年校慶的同時(shí)，英國查爾斯王子亦偕同當(dāng)時(shí)的黛安娜王妃蒞臨，一起讓女皇大學(xué)記錄下這歷史性的一刻。英國查爾斯王子也特別贈(zèng)送150年前維多利亞女皇用以建立女皇大學(xué)頒布的皇家特別允許狀(The 1841 Royal Charter)的復(fù)刻品；現(xiàn)今，該復(fù)刻品仍在 John Deutsch 大學(xué)中心展示。